Alkalmazott Vad- és Haszonállat Genomikai Csoport részletes bemutatása - Genetika és Biotechnológia Intézet
Alkalmazott Vad- és Haszonállat Genomikai Csoport
Alkalmazott Vad- és Haszonállat Genomikai Csoport részletes bemutatása
Utolsó frissítés: 2022 szeptember 16.
A csoport részletes bemutatása
A csoport 3 témán dolgozik, melyek alapkutatási és alkalmazott kutatási feladatokat is tartalmaznak. A csoportban egy főmunkatárs, három tudományos segédmunkatárs (PhD hallgató), két kutatási asszisztens, négy szakdolgozó és egy labor kisegítő dolgozik.
Kutatási témák
- Méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok (MMNP, 57/2019. (XIII.14) AM rendelet 27§)
- témavezető: Dr. Stéger Viktor (MATE, GBI)
- együttműködő kutató: Dr. Barta Endre, Dr. Szőke Zsuzsanna (MATE, GBI)
- Ragadozók genetikai monitoring vizsgálata (BNPI, ANPI szerződések)
- témavezető: Dr. Stéger Viktor (MATE, GBI)
- együttműködő kutató: Dr. Barta Endre, Dr. Szőke Zsuzsanna (MATE, GBI)
Kutatási témák részletes bemutatása
Méhészeti genomikai és genetikai vizsgálatok
A téma háttere:
Az előzetesen felhalmozott bioinformatikai és labor tapasztalatokat szeretnénk a jövőben a méhészeti genetikai és genomikai kutatásokban kamatoztatni. A kutatásokat a gyakorlatban jártas méhészekkel, méhtenyésztőkkel, egyetemekkel együttműködve végezzük; az Országos Magyar Méhészeti Egyesület megbízásában. A rendelkezésre álló minták közül öt magyar mézelő méh egyed genomszekvenciájának meghatározását végeztük Illumina HiSEQ 2000 technológiával. Bioinformatikai módszerekkel több mint 22 Gbp méh szekvenciát illesztettünk a referencia méh genomra. Az illesztés alapján kb. 17 millió szerkezeti különbséget azonosítottunk a méh genomok között.
Ezen különbségek közül elsőként a mitokondriális szekvenciákban található különbségeket kezdtük vizsgálni, az európai mézelő méh, valamint az ázsiai méh közötti diagnosztikus különbségek felderítésére. Így olyan markerek fejlesztésén dolgozunk, amelyek real-time PCR segítségével képesek elkülöníteni a két méh fajból, valamint az általuk előállított termékekből származó DNS mintákat.
Egy hosszú távú méhtenyésztési program keretében az Országos Magyar Méhészeti Egyesülettel, valamint a Magyar Méhtenyésztők Országos Egyesületével (MMOE) együttműködve a kiváló higiénikus viselkedésű és genetikailag tiszta pannon méhcsaládok genetikai alapú megőrzésére és nemesítésére törekszünk mesterséges termékenyítéssel, majd szabad pároztatással. Jelentős probléma a hazai méhtenyésztésben a pannon méh vonalak fenntartása, az egyre inkább növekvő számú behurcolt idegen fajtájú méhektől (olasz, buckfast és hibridjeik), ezért DNS marker vizsgálatokat végzünk a fajtatisztaság és a rokonsági kapcsolatok (genetikai távolságok) felmérése érdekében, amelyeket a fajta fenntartási és tenyésztési program fel tud használni. Továbbá higiénikus, 24 órás folyékony nitrogénes fagyasztási teszteket végzünk a családok higiénikus viselkedésének a felmérésére. A higiénikus méhvonalak alkalmazásával jelentősen csökkenthető az atka ellenes kezelések száma és a vegyszerek mennyisége is, illetve az erősebb egészséges családokkal a méztermelés is jövedelmezőbb.
Sikeresen kidolgoztuk az anyák non-invazív genotipizálását (herefiasítás segítségével), amellyel a pannon származás tisztasága mérhető, így keresztezések (mesterséges termékenyítés) után fajtatiszta pannon méhek születtek. A higiénikus szelekciót a KTV telepek legjobb teljesítményű családjain elvégeztük, így sikerült nagyon jól gyűjtő, higiénikus viselkedésű, illetve pannon fajtatiszta méheket szelektálnunk. A tenyésztésben folyamatosan szelektáljuk a legjobb családokat, illetve a nem jó családok tovább tenyésztését nem javasoljuk. Az alkalmazott kutatási eredményeinket az MMOE felhasználja a tenyésztési programjába.
Ragadozók genetikai monitoring vizsgálata
A téma háttere:
A hazai vadfajok korszerű genomikai és genetikai vizsgálatai új lehetőségeket nyitnak meg a kutatásban, amelynek eredményei hasznosulnak a vadgazdálkodásban, élőhelyeink monitoringjában, a klímavédelemben, illetve a bűnüldözés területén is. A vadak zavarása nélküli non-invazív mintákból (szőr, hulladék, vizelet, nyál stb.) megállapítható a faj, az egyed, illetve annak ivara. A vizsgált fajok populációgenetikai vizsgálata segítségével képet kaphatunk a hazai vadfajok tényleges rokonsági kapcsolatairól, illetve azok "genetikai tisztaságáról", vagyis keveredtek-e más háziasított fajokkal (házisertés vs. vaddisznó, házimacska vs. vadmacska, szürkefarkas vs. kutya stb.).
Nagyragadozók magyarországi genetikai monitoring vizsgálatát a Bükki Nemzeti Parkkal együttműködve végezzük különböző állati szövetmintákból, leginkább szőr és ürülék mintákból. A vizsgált ragadozók: i) szürke farkas, kutya, aranysakál; ii) vadmacska házimacska fajkomplex; iii) eurázsiai hiúz és iv) barna medve. A genotipizáláshoz STR (mikroszatellita) markerekből multiplex reakciókat állítottunk össze és optimalizáltunk. Az így kapott egyedi STR profilokkal egyedazonosítást végeztünk, valamint minimális egyedszámot számítottunk. Megfelelő mintaszám elérésénél pedig a populációk genetikai diverzitásának felmérését és az egyedek rokonsági viszonyainak felmérését is elvégezzük.
Csoport főbb publikációi:
Development of Wild Boar Species-Specific DNA Markers for a Potential Quality Control and Traceability Method in Meat Products.
Szemethy D, Mihalik B, Frank K, Nagy T, Újváry D, Kusza S, Szemethy L, Barta E, Stéger, V*
Food Anal. Methods. 2021, Nov; 14(1):18-27. doi.org/10.1007/s12161-020-01840-1
Population Genetic Structure of the Wild Boar (Sus scrofa) in the Carpathian Basin.
Mihalik B, Frank K, Astuti PK, Szemethy D, Szendrei L, Szemethy L, Kusza S*, Stéger V*
Genes. 2020 Oct 14;11(10):1194 doi.org/10.3390/genes11101194
Mining the red deer genome (CerEla1.0) to develop X-and Y-chromosome-linked STR markers.
Frank K, Bana NÁ, Bleier N, Sugár L, Nagy J, Wilhelm J, Kálmán Z, Barta E, Orosz L, Horn P, Stéger V*
PLoS One. 2020 Nov 23;15(11):e0242506. doi.org/10.1371/journal.pone.0242506
The red deer Cervus elaphus genome CerEla1.0: sequencing, annotating, genes, and chromosomes.
Bana NÁ, Nyiri A, Nagy J, Frank K, Nagy T, Stéger V, Schiller M, Lakatos P, Sugár L, Horn P, Barta E, Orosz L*
Mol Genet Genomics. 2018 Jun;293(3):665-684. doi: 10.1007/s00438-017-1412-3.
The presence of Balkan and Iberian red deer (Cervus elaphus) mitochondrial DNA lineages in the Carpathian Basin.
Frank K, Bleier N, Tóth B, Sugár L, Horn P, Barta E, Orosz L, Stéger V*
Mamm Biol. 2017 Apr 86(1): 48-55. doi.org/10.1016/j.mambio.2017.04.005
Genome sequencing and analysis of Mangalica, a fatty local pig of Hungary.
Molnár J, Nagy T, Stéger V, Tóth G, Marincs F, Barta E.
BMC Genomics. 2014 Sep 5;15(1):761. doi: 10.1186/1471-2164-15-761. PMID:
The effect of LacI autoregulation on the performance of the lactose utilization system in Escherichia coli.
Semsey S, Jauffred L, Csiszovszki Z, Erdossy J, Stéger V, Hansen S, Krishna S.
Nucleic Acids Res. 2013 Jul;41(13):6381-90. doi: 10.1093/nar/gkt351.
Introgression and isolation contributed to the development of Hungarian Mangalica pigs from a particular European ancient bloodline.
Marincs F, Molnár J, Tóth G, Stéger V, Barta E.
Genet Sel Evol. 2013 Jul 1;45(1):22. doi: 10.1186/1297-9686-45-22.
Antler development and coupled osteoporosis in the skeleton of red deer Cervus elaphus: expression dynamics for regulatory and effector genes.
Stéger V, Molnár A, Borsy A, Gyurján I, Szabolcsi Z, Dancs G, Molnár J, Papp P, Nagy J, Puskás L, Barta E, Zomborszky Z, Horn P, Podani J, Semsey S, Lakatos P, Orosz L.
Mol Genet Genomics. 2010 Oct;284(4):273-87. doi: 10.1007/s00438-010-0565-0.
Gene expression dynamics in deer antler: mesenchymal differentiation toward chondrogenesis.
Gyurján I Jr, Molnár A, Borsy A, Stéger V, Hackler L Jr, Zomborszky Z, Papp P, Duda E, Deák F, Lakatos P, Puskás LG, Orosz L
Mol Genet Genomics. 2007 Mar;277(3):221-35. doi: 10.1007/s00438-006-0190-0.
Csoport főbb pályázatai:
- Házinyúl tenyészetek termelőképességének növelése genomikai módszerekkel (NKFIA 2017-1.3.1-VKE-2017-00026) (témavezetők: Dr. Barta Endre, Dr. Hiripi László, Dr. Stéger Viktor,2018-2021)
- Agrárminisztérium MMNP alkalmazott kutatási pályázata ((57/2019. (XIII.14) AM rendelet 27§) (témavezető: Dr. Stéger Viktor, 2019-2021)
A Csoport tagjai
|
Ninausz Nóra, tudományos segédmunkatárs, PhD hallgató |
|
Fehér Péter Árpád, tudományos segédmunkatárs, PhD hallgató M.Sc.: Környezetgazdálkodási agrármérnök, Szent István Egyetem, MKK, 2014-2016 Telefon: +36-28/430-494 |
|
Nyerges Gábor Zsolt, tudományos segédmunkatárs, PhD hallgató Telefon: +36-28/430-494 |
|
Hegedűs Bettina, kutatási asszisztens, MSc hallgató |
|
Pásztor Adrienn, kutatási asszisztens, MSc hallgató |
|
Racskó Evelin, labor kisegítő |
Szakdolgozók: |
|